D’altra banda l’aprovació del conveni del 2000 va intensificar el trasllat de residus de la construcció cap a l’Alt Urgell causa del boom immobiliari i això va activar les protestes d’alguns sectors de la societat alturgellenca (
ABOCAMENTS DE RESIDUS DE LA CONSTRUCCIÓ D'ANDORRA A L'ALT URGELL). L’abril de 2005 es va establir un sistema de control a la frontera, realitzat per l’empresa Gestora de Runes de la Construcció, SA, per tal de limitar aquestes exportacions d’Andorra. L’any següent, el 2006, mitjançant un nou conveni de residus amb l’Estat espanyol, Andorra va adquirir el compromís d’instal•lar abocadors al seu territori per aquest tipus de residus.
Com a resultat d’aquest nou conveni, al gener de l’any 2007 el govern andorrà va publicar la primera revisió del Pla Nacional de Residus per al període 2007-2011. Aquest Pla s’estructurava en forma de sis programes d’actuació: de prevenció, reutilització i reciclatge, de gestió de residus perillosos, d’acció de les administracions i de seguiment del Conveni de Basilea.
La nova incineradora andorrana
El 30 de juny de 2007 es va inaugurar la nova incineradora d’Andorra, situada al mateix emplaçament que l’antiga, construïda per la societat Centre de Tractament de Residus d’Andorra (CTRASA), on hi participaren les empreses CESPA i Novenergie-Suez. La nova incineradora ocupa una superfície de 23.000 m² i es composa d’un forn incinerador amb una capacitat mitjana de 5,5 Tones/hora i una màxima de 8,8 Tones/hora. Es pretenia així tractar els residus generats pel conjunt de la població que, en temporada alta, supera les 100.000 persones. Els residus que permet tractar són sòlids urbans, carnis, industrials, fang de depuradores, sanitaris i voluminosos combustibles. El forn també permet aprofitar la incineració per a la producció d’energia elèctrica, amb un total de 32,65 GWh/any, cosa que representa el 5,75% de la demanda d’energia elèctrica del país. També disposa d’una deixalleria de 2.000 m² i d’una planta de transferència.
El 2007, el primer any de funcionament de l’equipament, s’hi van cremar 42.349 Tonesn i el 2008 44.934. En canvi l’any 2009 només va incinerar un total de 40.518 tones, unes 4.000 menys de les fixades en la concessió de CTRASA, motiu pel qual va haver de ser compensada econòmicament. L’any 2010 encara va baixar més la generació de residus i només se n’incineraren 39.031 Tones. La disminució s’atribuïa a l’aprofundiment de la crisi econòmica, el consegüent descens del consum i la davallada de turistes. Es va produir així un problema de sobredimensionament que va obligar al govern andorrà a estudiar la possibilitat d’acollir per primer cop residus de les poblacions catalanes i franceses veïnes per poder-la fer rendible.
S’obre el camí perquè Andorra aculli residus de la Cerdanya.
A mitjan 2011 l’Agència de Residus de Catalunya (ARC) va manifestar el seu interès per traslladar residus de la comarca de la Cerdanya a la incineradora andorrana. Segons l’ARC, la Cerdanya generava unes 10.000 Tn de residus l’any i l’abocador comarcal de Bellver de Cerdanya estava a punt de patir problemes de saturació. No obstant això, aquesta possibilitat depenia d’un nou acord bilateral entre Andorra i l’Estat espanyol que l’inclogués ja que mai s’havia contemplat en els acords anteriors.