El mateix estiu de 2005, Carles Barcons, membre de la plataforma i del grup municipal d’Esquerra Republicana de Catalunya (ERC), va denunciar un abocament d’oli industrial a la llera del riu Tenes procedent de la pedrera, mentre que l’empresa, al seu torn, l’acusava de ser-ne el culpable. Els retrets i desqualificacions entre l’oposició i la plataforma, d’una banda, i el govern i l’empresa, de l’altra, van anar pujant de to en els plens municipals, els diaris locals i els butlletins d’unes organitzacions i altres.
El juliol de 2006 la Comissió Territorial d’Urbanisme de Barcelona (CTUB) va aprovar el POUM de Bigues i Riells deixant suspesa l’ampliació de la pedrera de Can Margarit i va reclamar l’aportació d’informes sobre la mobilitat, l’activitat temporal i l’impacte paisatgístic. Al cap de dos mesos, per acord de govern, la Generalitat aprovava l’ampliació de
LA XARXA NATURA 2000, que englobava els terrenys on s’havia d’ampliar la pedrera i construir nous vials d’accés. Els opositors a la pedrera van celebrar la notícia, ja que, a partir d’aleshores, seria més difícil ampliar-la, però afirmaven que el conflicte no havia acabat.
Canvis al govern municipal i noves sentències judicials
Les eleccions municipals de juny de 2007 van donar la victòria al Partit dels Socialistes de Catalunya (PSC) que, juntament amb ERC i Iniciativa per Catalunya-els Verds (ICV), havien liderat l’oposició política a la pedrera. Els tres partits van formar govern i van proclamar la socialista Elena Argemí nova alcaldessa.
Al novembre, el grup municipal d’ERC sortia del govern i PSC i ICV perdien la majoria, tot i que la recuperaren el mes d’abril següent gràcies a un pacte amb el PP. El març de 2009 l’alcaldessa dimitia, criticant el paper destructiu i poc dialogant de l’oposició, i Joan Moreno (PSC) era proclamat nou alcalde.
A final d’any un jutge va anul•lar la suspensió de llicències per fer un polígon a la zona de la pedrera, previst pel pla parcial redactat l’any 2002. La tardor de 2009 una nova sentència obligava l’Ajuntament a desenvolupar el pla parcial del polígon de can Margarit, tot i que no hauria de pagar els 12 MEUR que l’empresa reclamava, però sí els 6.000 € que sumaven els costos del judici.
L’alcalde va explicar que aquestes sentències demostraven la mala gestió del govern anterior i explicava que s’intentaria arribar a un acord amb el grup Clapé per evitar emplaçar el polígon industrial en un corredor biològic, tot i que descartava l’’ampliació de la pedrera en una superfície igual que havia ofert CiU.